Kalundborg Havn er en kommunal selvstyrehavn ledet af en havnebestyrelse på 7 medlemmer, heraf 5 fra kommunalbestyrelsen. Den daglige ledelse varetages af havnedirektøren. Økonomisk fungerer havnen som en selvstændig økonomisk og juridisk enhed uden offentlige tilskud. Overskuddet investeres i vedligeholdelse af infrastrukturen på havnen og udbygning af havneanlæg.
Havnens primære virksomhed er havnedrift, udlejning af kaj- og landarealer samt udlejning af kraner og andet materiel i forbindelse med lastning og losning af skibe.
Elforbruget på Kalundborg Havn består hovedsageligt af forbrug fra kajstik til kraner mm. samt belysning. Der er taget initiativer til at nedbringe elforbruget på havnen, og der arbejdes fremadrettet med at reducere elforbruget yderligere både til belysning og i havnens bygninger.
Varmeforbruget på Kalundborg Havn er hovedsageligt fjernvarme med en enkelt undtagelse.
Vandforbrug udgøres hovedsageligt af salg af vand til skibe. Ud over vand til skibene forbruges der en meget lille mængde vand, men der arbejdes fremadrettet med at nedbringe den øvrige mængde vand, der forbruges på havnen.
Affaldet fra skibe håndteres i henhold til Kalundborg Havns affaldsdirektiv, som er afstemt med gældende regler for håndtering af affald. Skibet har pligt til at aflevere affald, inden de forlader havnen, og havnen har pligt til at modtage den mængde affald, som skibet har oparbejdet på den seneste sørejse efter “no special fee” princippet. Målsætningen er, at skibene afleverer deres affald i havn i stedet for at dumpe det på søterritoriet.